週末にできなかった残りのサイトもWordPress 3.0.1へアップデート。
マルチサイト化している場合は、通常のシングルサイトと違っていて、特権管理者でログインして、「特権管理者」－「ネットワークを更新」にアクセスし、「ネットワークを更新」ボタンをクリックするといった手順になるようです。

とりあえずアップデートは問題なくできたのですが、細かな不具合がないようにチェックしないとね。